Im Jahr 2012, nach den Ereignissen von Digimon Adventure: Last Evolution Kizuna müssen die früh erwachsenen DigiDestined – Daisuke, Miyako, Iori, Takeru Takashi, Hikari und Ken – ihre neue Verantwortung mit ihren Digimon-Partnern vereinbaren. Doch dann taucht Rui Owada auf, ein mysteriöser junger Mann, der behauptet, der erste Mensch zu sein, der mit einem Digimon-Ukkomon zusammenarbeitet. Könnte Rui wirklich der allererste DigiDestinierte gewesen sein?